三门历史悠久。从六敖镇尖坑山、亭旁镇包家上坟墩、邵家山根邵和满山岛等处的出土文物证明,新石器时代就有人类在三门这块土地繁衍生息。
夏、商、周为瓯越地。春秋战国为越国,公元前306年,楚灭越,无强诸子争相自立,时为东越地。秦时,三门为东越地、隶属闽中郡。
汉惠帝三年(公元前192年),立摇为东海王,都东瓯(今温州),史称东瓯王,时属东瓯国。建元六年,闽越王郢被诛,立郢之弟余善为东越王,时为东越地,属会稽郡,隶扬州。武帝元鼎六年(公元前111年)东越王余善反,元封元年(公元前110年)杀余善,将其民徙处江淮间,东越地虚。昭帝始元二年(公元前85年),以东瓯地建产回浦县,治章安,时为回浦县地,属会稽郡。东汉光武时(公元25-57个)改为回浦县章安县,时为章安县地。三国吴大帝时(公元222-252年)分章安县西部分境域,置临海县,时为临海县境地,属会稽郡,隶扬州。少帝太平二年(公元257年),分会稽 郡东部置临海郡,时属临海郡,隶扬州。大康元年(公元280年),分鄞县八百户,临海县安北乡二百 户,置宁海县,时三门分属临海、宁海两 县,属临海郡。
隋废郡为州,临海郡废改入处州,并改东扬州为吴州,废宁海县,时为临海县地,属处州,隶吴州。开皇十二年(公元592年),改处州为括州。炀帝大业元年(公元605年),又改州为郡,废括州,置永嘉郡,时为临海县地,属永嘉郡。
唐武德元年(公元 618年),以临海县置海州,武德四年(公元621年)分临海县,复置宁海县,治海游,同年改永嘉郡为括州。时三门分属临海、宁海两县,隶海州。武德五年(公元 622年),改海 州为台州,武德七年,废宁海县并入章安县,八年又废章安县,并入临海县,时为临海县地,属台州。太宗贞观元年(公元627年),台州隶江南道,治苏州。武后永昌元年(公元689年),分临海县东北部置宁海县,治广度里(今宁海城关镇),时三门又分为临海、宁海两县地,属台州。天宝元年(公元 742年)台州复称临海郡。肃宗乾元元年(785年),临海郡复称台州。同年设海浙江东道,治越 州,时属台州,隶浙江东道。
宋时,于浙江境域置两浙路。神宗熙宁七年(公元1074年),分两浙路为两浙东路、两浙西路,时分属临海、宁海两县,隶台州。
元地方行政实行“行省”制度,世祖至元十四年(公元1277年),改台州为台州路,置总管府,治临海。时三门分属临海、宁海两县,属台州路,隶江浙等处行中书省浙东道。
明地方政区制度袭元朝,改台州路为台州府。
清承袭明朝,设杭嘉湖、宁绍台、金衢严、温处四个道,时三门为临海、宁海两县地,属台州,隶浙江宁绍台道。
民国初时,三门仍分属临海、宁海两县。民国29年(公元1940年)7月,自宁海县析出东南18乡镇,临海县东北隅析出5乡镇以及原南田县6个乡镇,设置三门县,治健康塘。9月移海游镇,隶台州(第六)行政督察区。
1949年2月17日三门解放,建立三门县人民政府,是浙江省第一个解放的县,隶台州专区。1952年4月南田区划归象山县管辖。1954年5月22日撤销台州专员公署,三门县划归宁波专区管辖。1957年7月恢复台州专员公署建制,三门县回属。1958年12月,撤销三门县建制,并入临海县,隶温州专区。1962 年6月4日国务院批准恢复台州专区及三门县建制。1970年1月成立台州地区革命委员会,三门县属之。1978年9月,改置台州地区行政公署,三门县属之。1983年5月,宁海县沙柳公社划归三门县。1994年8月,经国务院批准,台州撤地建市,三门县隶属台州市。